阿米巴是一种单细胞原虫，分包囊和滋养体两个发育阶段。抗阿米巴药作用于滋养体，对包囊无作用。临床用药一般分为3类：①肠内抗阿米巴药：氯碘喹啉、双碘喹啉、巴龙霉素；②肠外抗阿米巴药：氯喹；③抗肠内外阿米巴药：甲硝唑。

另外，阴道毛滴虫也为原虫，寄生于泌尿生殖道，为妇科常见病，甲硝唑对滴虫病有高效。