免疫缺陷病毒（HIV）蛋白酶抑制剂是治疗艾滋病的另一类药物。此类药物有沙喹那韦（n）、利托那韦（o）、吲哚那韦（p）等。

沙喹那韦是一多肽衍生物，它能抑制人免疫缺陷病毒（HIV）蛋白酶，从而阻断病毒蛋白酶转录后的修饰，它是此类药物第一个用于治疗HIV感染的药物，对急性或慢性感染细胞，单独使用或与齐多夫定合用有增效作用，对齐多夫定有耐药性的病毒，沙喹那韦也有效。

利托那韦为蛋白酶抑制剂，它可阻断HIV蛋白酶，从而病毒不能产生成熟的HIV颗粒，HIV感染细胞之间的蔓延减缓。所以该药可阻止发生新的感染病灶，并延缓疾病的进展。