1.烃基　药物分子中引入烃基，可改变溶解度、解离度、分配系数，增加位阻，从而增加稳定性。

2.卤素　药物分子中引入卤素，可影响分子间的电荷分布和脂溶性及药物作用时间。

3.羟基和巯基

1）羟基取代在脂肪链上，常使活性和毒性下降。

2）羟基取代在芳环上，有利于和受体的碱性基团结合，使活性和毒性均增强。

3）羟基酰化成酯或烃化成醚时，其活性一般降低。

4）巯基形成氢键的能力比羟基弱，引入巯基时，对水溶性的影响小，脂溶性比相应的醇大，更易于吸收。

4.醚和硫醚键

1）药物分子中引入醚，易于通过生物膜。

2）药物分子中引入硫醚，可氧化生成亚砜或砜，氧化后极性增加，同受体结合的能力以及作用强度因此有很大区别。

5.磺酸、羧酸、酯

1）药物分子中引入磺酸、磺酸基，使化合物的水溶性和解离度增加，不易通过生物膜，导致生物活性减弱，毒性降低。仅有磺酸基的药物一般没有生物活性。

2）药物分子中引入羧酸，其水溶性和解离度均比磺酸小，羧酸成盐后，可增加水溶性。解离度小的羧基可以与受体的碱性基团结合，因而对增加药物生物活性有利。

3）药物分子中引入羧酸成酯，可增大脂溶性，易被抗体吸收。酯基易与受体的正电荷部分结合，其生物活性也较强。

6.酰胺　酰胺基存在于蛋白质和多肽中，酰胺能与生物大分子形成氢键，易与受体结合，常显示结构特异性。

7.胺类　胺类药物结构中具有碱性基团，易与核酸或蛋白质的酸性基团发生作用。其氮原子上的孤对电子又可以形成氢键，能与多种受体结合，表现出多样的生物活性，且次序为：季铵＞伯胺＞仲胺＞叔胺。