凡是侵犯表皮及其附属器官以外的组织和器官的病原性真菌或条件致病性真菌，均可称为深部真菌。其感染的危害比浅部真菌感染更为严重，常引起重症、致死性疾病。近年来，由于抗生素、皮质激素、免疫抑制剂及抗肿瘤药物的广泛应用，深部真菌发病率日益增加。深部感染真菌主要有以下两种。

1.白色念珠菌

白色念珠菌，亦称白色假丝酵母菌，属于假酵母菌属。本属中有81个种，其中7个种有致病性。白色念珠菌为该属中最常见的致病菌，可引起皮肤、黏膜及内脏的念珠菌病。菌体圆形或卵圆形，直径3～6 μm。革兰染色阳性。主要以出芽方式繁殖，在组织内易形成芽生孢子及假菌丝；培养时需氧且常在假菌丝中间或其末端形成厚膜孢子，此为本菌特征之一。

白色念珠菌属条件致病菌，通常存在于口腔、上呼吸道、肠道与阴道黏膜。当机体发生菌群失调或抵抗力降低时，可侵犯人体许多部位。

（1）皮肤黏膜感染　皮肤念珠菌感染好发于皮肤潮湿、皱褶部位，如腋窝、腹股沟、乳房下、肛门周围、会阴部及指（趾）间等处。可引起湿疹样皮肤念珠菌病、肛门周围瘙痒症及肛门周围湿疹和指间糜烂症等，易与湿疹混淆。黏膜感染则可见有鹅口疮、口角糜烂、外阴与阴道炎等。其中以鹅口疮最为多见。鹅口疮多见于体质虚弱的初生儿，尤以人工喂养儿较多。但在口腔正常菌群建立后，就很少见到。成年人由于慢性疾病引起抵抗力下降、营养失调或各种维生素缺乏，也可发病。

（2）内脏感染　有肺炎、支气管炎、肠炎、膀胱炎和肾盂肾炎等，偶尔也可引起败血症。

（3）中枢神经系统感染　可有脑膜炎、脑膜脑炎、脑脓肿等。多由原发病灶转移而来。

2.新型隐球菌

新型隐球菌属隐球菌属，广泛分布于自然界，在鸽粪中大量存在。正常人的体表、口腔、粪便中也可分离出此菌。

新型隐球菌为圆形酵母型菌，直径4～12 μm，外层有一层肥厚的胶质样荚膜，荚膜比菌体可大1～3倍。本菌以出芽方式繁殖，常呈单芽，有时出现多芽，芽颈较细，但不生成假菌丝。

其荚膜由多糖构成，根据其抗原性可分为A、B、C、D4个血清型，临床分离的菌株多属于A与D型。

本病在人与人之间不发生接触性传染。通过呼吸道吸入孢子是主要的感染方式。初感染灶多在肺部，但约半数病例在肺部不显症状，肺部感染一般预后良好，但从肺部可播散至全身其他部位。播散病灶可发生在各个脏器，皮肤、黏膜、淋巴结、骨、内脏等各器官均可受累，最易侵犯的是中枢神经系统，可引起慢性脑膜炎。脑及脑膜的隐球菌病预后不良，如不治疗，常导致患者死亡。新型隐球菌的荚膜多糖是重要的致病物质，有抑制吞噬、诱使动物免疫无反应性、降低机体抵抗力的作用。新型隐球菌属于人体正常菌群，在机体抵抗力降低时引起内源性感染疾病。