细菌的结构可以分为基本结构和特殊结构，前者包括细胞壁、细胞膜、细胞质、核质、核糖体等各种细菌都具有的结构；后者包括荚膜、鞭毛、菌毛等某些细菌所特有的结构。有些细菌在一定条件下可以发生转化而进入休眠状态，称为芽胞，其结构和性状与其繁殖状态有明显不同；此外，细菌在环境因素的作用下，还可以形成L型。