酶是具有一定空间结构的蛋白质大分子，但能与底物结合并进行催化作用的结构只是酶分子的某些特殊部分，这些部分又称为酶的活性中心，又叫酶的活性部位。它是酶起催化作用的关键部位。其他部分则多半对酶分子的空间结构起维系作用。

酶的表面分布着许多化学基团，只有少数的化学基团才与酶的活性直接有关，称为酶的必需基团。常见的有咪唑基、羟基、巯基、羧基等。通过酶蛋白分子空间结构的形成，使必需基团集中到特定区域，形成活性中心。对于需要辅酶的酶，活性中心还应包含辅酶或辅酶分子上的某一部分结构。某些含金属的酶，金属离子也属于活性中心的一部分。