以下两种分类方法较为常用。

1.按氨基酸的化学结构分类　根据结构不同，可分为脂肪族氨基酸、芳香族氨基酸和杂环族氨基酸三大类。

2.按氨基酸R侧链的理化性质分类

1）非极性疏水性氨基酸　有甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、异氨酸、亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸等7种。

2）极性中性氨基酸　有色氨酸、丝氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、蛋氨酸、天冬酰胺氨酸、谷氨酰胺、苏氨酸等8种。

3）酸性氨基酸　有谷氨酸和天冬氨酸2种。

4）碱性氨基酸　有精氨酸、组氨酸和赖氨酸3种。