关于排便的机理，西医认为是经消化道吸收后的食物转化为粪团，在直肠内形成足够容积的粪便以正常的速度通过胃肠道及时抵达直肠，产生便意，引起排便反射。排便时，盆底肌群协调活动，完成排便。其中包括神经系统和肌肉活动（平滑肌）的参与。产生病变的原因有三：（1）神经系统病变：主要为骶神经、腰骶脊髓、高位脊髓的损害引起结肠和直肠的张力下降，而致无便意；肠内神经病变，如先天性巨结肠等；或中枢性疾病，如各种脑梗死、脑出血等。（2）肠道平滑肌病变：如结缔组织病，内分泌、代谢性疾病等全身性疾病引起肠道平滑肌病变。（3）消化道腔内病变：多指肠腔内病变导致肠道阻塞、通过受阻而无便意，如肠道肿瘤、慢性肠套叠、直肠内脱垂，等等。也有因药物或精神心理障碍所致便秘，如使用吗啡制剂、患抑郁症、神经性厌食症等。

目前临床上采取一些特殊检查，如胃肠通过试验，或称结肠传输功能试验、排粪造影，及肛管直肠测压，将便秘分为三型：（1）慢传输型便秘；（2）出口梗阻型便秘；（3）混合型便秘。